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सीबीआई एसपी रहते हुए चारा घोटाले की जांच उनके नेतृत्व में की गई थी। सीबीआई में रहते हुए तत्कालीन निदेशक आलोक वर्मा के साथ हुए विवाद के बाद राकेश अस्थाना चर्चा में आए थे। इसके बाद उन्हें नागरिक उड्डयन सुरक्षा और नारकोटिक्स कंट्रोल ब्यूरो (एनसीबी) के महानिदेशक पद पर नियुक्त किया गया था।